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行基が創建し、南宮神社(今の南宮大社)の神宮寺となったと伝えられています。南宮神社同様、関ヶ原合戦の兵火により炎上。家光が再建し、明治初年の神仏分離令によって現在地に移されました。境内には、国指定重要文化財の本地堂や三重塔、梵鐘、北条政子の寄進と伝わる鉄塔があります。

金山彦命を主祭神に、旧国弊大社で美濃国一の宮として、また全国の鉱山、金属業の総本宮として、今も深い崇敬を集めています。社伝では神武天皇即位の年の創建とされ、慶長5年(1600)の関ヶ原合戦で社殿のすべてを焼失。寛永19年(1642)、三代将軍徳川家光が再建しました。広い境内には本殿・拝殿・楼門など、朱塗りの華麗な姿を並べ、江戸時代の神社様式の代表的な建築物18棟が、国の重要文化財に指定されています。年間を通じ大小50余の祭典が行われ、5月5日の例大祭、11月8日の金山祭(ふいご祭り)などの神事があります。

高さ21m、鉄製の南宮大社の大鳥居は、東海有数のスケールを誇っています。今では垂井町の名所としてすっかり定着し、新幹線の車窓から間近に眺められる鳥居としても有名です。